Prueba con MeshLab. Tiene un montón de filtros y operaciones pero si te soy sincero yo nunca he conseguido reparar una pieza al 100% con él, siempre he tenido problemas de estabilidad y se me ha cerrado o se me quedaba bloqueado. De vez en cuando lo retomo para ver si ha mejorado por que la verdad que tiene un montón de operaciones para realizar con los diseños.
Finalmente lo que me ha dado un resultado perfecto es utilizar el Blender, pero corrigiendo los desperfectos de forma manual. Cuando son pocos los fallos no tardas mucho, pero en otras ocasiones te puede llevar mucho tiempo.
El FreeCAD tambien tiene alguna operación para corregir mallas, pero igualmente nunca he conseguido buenos resultados. También es verdad que hace tiempo que no trasteo con estos programas, espero que los vayan mejorado.