Hola Ana.
Si el filamento sale bien cuando lo extruyes manualmente, descarta que sea una obstrucción, si fuera obstrucción siempre os saldría mal.
Comprueba si fuera el tornillo de apriete del filamento, por si estubiera un poco flojo, prueba a apretarlo ligeramente, dale como mucho un cuarto de vuelta más.
Pero puede que sea por otro motivo, algunas de las impresoras parece que no salen bien ajustadas, nosotros hemos tenido el problema que comentas. Para averiguarlo haz la siguiente operación.
Con un rotulador indeleble, haz unas marcas en los rodamientos del extrusor, de esta manera se observa mucho mejor cuando giran. El rodamiento de la derecha es el del motor, es decir, el que ejerce la tracción, de manera que el rodamiento de la izquierda se mueve por la presión que se ejerce sobre él con el filamento. La cuestión es que cuando se mueve el rodamiento de la izquierda también se debe mover el de la derecha. Pues bién, pon la impresora a imprimir y fíjate en dicho detalle, si observas en alguna ocasión que cuando se mueve el rodamiento de la derecha, el de la izquierda no se mueve, ahí tienes el problema, al no moverse hace de freno y origina el problema que comentas. En este caso tienes que abrir una incidencia para que te ajusten el extrusor.
Adjunto la foto de los rodamientos con las marcas de rotulador.