Tendrías que probar a laminar directamente con el Slic3r. Ya he comentado en algún foro que el Repetier-Host no es necesario, personalmente yo no lo utilizo, además es un programa lento y pesado, eso no quita que nos pueda venir bien alguna de sus utilidades que carecen otros programas, pero suelen ser cosas avanzadas que para nada necesitamos.
Te resumo como puedes laminar directamente con el Slic3r. Si estás en Windows puedes encontrar el ejecutable del Silic3r que se instala con Repetier-Host en la siguiente ruta:
C:\Archivos de programa\Repetier-Host\Slic3r\slic3r
Abrelo y vas al menú "File>Preferences", y configuras el "Mode" en "Expert" y desmarcas las cuatro opciones que aparecen. Necesitas cerrar y volver a abrir el Slic3r para que estos cambios surjan efecto.
De nuevo en el Slic3r, para añadir una pieza(fichero STL) utiliza el botón "Add". Para laminar el objeto, primero configura los tres desplegables de la derecha, es decir, "Print settings", "Filament" y "Printer". Pulsa el botón "Expor G-code..." para iniciar el proceso de laminado, te aparecerá una ventana para que cambies el nombre por defecto si quieres del fichero .gcode. Durante el proceso aparece una barra de progreso abajo a la derecha de la ventana que suele pasar desapercivida, es importante comprobar que termina el proceso antes de copiar el fichero .gcode o tendremos problema como el que comentas.
Una vez terminado el laminado puedes ver el resultado en el mismo Slic3r, seleccionando abajo a la derecha la ficha "Preview" donde podrás analizar cada capa con la barra que tiene o con flecha arriba o flecha abajo.
Si consigues laminar con el Slic3r entonces comprobobado que el problema lo está teniendo el Repetier-Host.