La verdad, no se me ocurre que puede originar ese defecto. Yo primero comprobaría que la correa está bien de tensión, no tiene que estar muy floja pero tampoco es bueno que esté muy tensa pues precisamente es cuando puede descuadrar los ejes XY y dar ese problema.
Si dispones de un calibre con buena precisión, también intentaria medir la diferencia que hay. Te puede resultar algo difícil ya que es complicado acoplar el calibre para no cometer error en la medición pero un milimentro de descuadre como comentas debería ser detectable, yo he realizado la prueba y como mucho he cometido un error de dos décimas. Haz lo siguiente. Dale al botón HOME y ahora con el control manual desplaza el cabezal cierta distancia en el eje Y, por ejemplo 50 milimetros, el display te muestra lo que vas deplazando, entonces mides con el cablibre y te debería dar 50 milimetros. Realiza la misma prueba con el eje X. De esta manera podrás averiguar qué eje es el que está desfasado o a lo mejor son un poco los dos.
Ya te digo que lo complicado es realizar la medición sin comenter error por eso es conveniente hacer varias mediciones para comparar.
Como siempre si lo ves complicado o no consigues nada abre una incidencia, los técnicos seguro que te podrán confirmar este error y lo mismo saben si se puede ajustar o necesita cambiar alguna pieza.