Perdona Elena, no te explicaste mal, de hecho después de escribir la anterior parrafada me di cuenta de lo que querías decir pero ya te me adelantaste a que pudiera retractarme, bueno te cuento.
Imagino que la duda la tienes por que has visto en el laminador que cada color se imprime a una temperatura distinta. La diferencia en mayoría de los casos es poca y probablemente podrías utilizar el mismo GCODE sin notar aparentemente diferencias, pero lo conveniente es respetar las las temperaturas del fabricante siempre que podamos.
La respuesta es que no necesariamente necesitas generar un GCODE distinto, ya que la impresora permite cambiar la temperatura del extrusor durante la impresión. La operación a priori es sencilla, una vez que seleccionas el fichero aparece el menú de AJUSTES donde si te metes verás que puedes cambiar la temperatura del "FUSOR".
El problema es que con la configuración actual del "Slic3r" el cambio de temperatura hay que hacerlo en dos momentos concretos. Esto es debido a que se diferencia entre dos temperaturas, una para la primera capa(suele ser unos grados superior para que el filamento pegue mejor), y la del resto de las capas, que debería ser la que el fabricante recomienda(ver imagen adjunta)
Esto significa que tendrías que modificar la temperatura en esos dos momentos concretos para sobrescribir la que la impresora lee del fichero GCODE. Puede ser algo fastidioso tener que esperar a estos momentos, sobre todo a que termine la primera capa si la pieza es grande, pero es la forma más segura de hacerlo.
El caso es que hay una manera de anular que se pongan las temperaturas de forma automática, pero ojo, hay que tener muy en cuenta los ficheros GCODE generados de esta manera por que si no te acuerdas de poner las temperaturas o son incorrectas puedes producir una avería. No quiero asustarte pues tampoco suele ser grave, lo que suele pasar es que el engranaje del motor se embaza si se intenta imprimir en frio, pero ya tocaría desarmar el extrusor para limpiarlo.
Para anular el ajuste de temperatura automático simplemente hay que poner un cero en el valor de temperatura(en el perfil de color que hayas elegido en el Slic3r), además a la hora de guardar el cambio yo le pondría otro nombre para crear un nuevo perfil de "color" para usarlo en estos casos, por ejemplo "Manual". Y para mayor seguridad y evitar el problema anterior yo te recomiendo que sólo pongas a cero el valor "Other layers" del "Extruder, de esta manera siempre se va a fijar al menos la temperatura de la primera capa y ante un olvido no habrá problemas.
Entonces ahora una vez generado el fichero GCODE, cuando le das a imprimirlo, tienes que esperar a que termine de calentar la cama, si te fijas en el display veras que pone "Calentando cama". Cuando ponga "Calentando..." es cuando ha empezado a calentar el FUSOR, ya ha leído del fichero la temperatura, por lo que podemos entrar en el menú de AJUSTES para poner la que deseemos sin que la impresora la vuelva a cambiar.